龔慈恩生于1963年9月17日，父母都是基督教徒，她的名字取自基督教教義中慈悲恩典的含義。龔慈恩的父親是會計師，母親在電視臺做幕后工作，她是家中獨生女，從小就喜愛歌舞。中學畢業(yè)后，龔慈恩在一家琴行當了一名鋼琴教師。恰好香港電臺電視部的一個少兒節(jié)目《香蕉船》招考主持人，龔慈恩的老板力薦她參選，一舉中標，龔慈恩由此踏入娛樂圈。
1984年，龔慈恩報考無線第一期藝員進修班，成為旗下藝員。
1984年，龔慈恩參演汪明荃主演的電視劇《秋瑾》，飾演秋瑾的同學；同年在苗僑偉、翁美玲主演的古裝武俠電視劇《楚留香之蝙蝠傳奇》中飾華真真。1985年5月，與周潤發(fā)、關禮杰一起演出《大香港》，飾演女主角舒薇；同年9月，參演TVB臺慶劇《楊家將》飾演楊四娘。周海媚、邵美琪、鄧萃雯、黎美嫻等人一道被稱為“新姐仔”，倍受無線的力捧。
1988年，參演電視《飛虎群英》，飾演從大陸偷渡到香港的舞女艾麗塔，與關禮杰飾演的黑幫大哥劉傳亨有感情戲。
1990年，龔慈恩赴中國長春拍攝金庸武俠劇《雪山飛狐》，一人分飾程靈素和冰雪兒兩個角色。1995年，龔慈恩應邀赴馬來西亞拍劇，主演《蒲公英》、《最愛是誰》和《豪門劫》等電視劇。
1996年，參演張衛(wèi)健版《西游記》飾演觀音；1997年，龔慈恩接拍亞視武俠劇《雪花神劍》，演繹女主角聶小鳳。
2010年2月，參演的情景喜劇電視劇《跟紅頂白大三元》在江蘇綜藝頻道開播出，飾演馬玲瓏。
2012年初，客串邵氏賀歲片《2012我愛香港喜上加幀罰煌年，加盟王維基的香港電視HKTV。